目前南方黃雞傳喉疫苗免疫后副反應相對較重，個別雞群甚至出現免疫后直接發病。副反應及發病率與雞群飼養管理狀況、環境變化和其它疾病感染有很大相關性。尤其是結膜炎癥狀較為明顯，免疫雞群出現流眼淚、結膜潮紅、瞎眼等癥狀，發病比例可達到30%左右，大群同時伴有呼吸道癥狀，表現為呼嚕、咳嗽、喘，伸頸呼吸，部分嚴重雞只可咳出血痰。
發病原因：
1、與疫苗毒力有關，傳喉疫苗毒力相對較強，副反應相對較大；
2、疫苗使用有關：部分養殖戶仍存在隨意加大免疫劑量，漏免，疫苗瓶隨亂扔放，免疫方式或操作不當，導致副反應過大，散毒和疫苗毒力返強，造成低保護雞只感染；
3、與免疫抑制和其它疾病感染或潛在感染有關：霉菌毒素、新城疫、溫和型流感、法氏囊、球蟲等免疫抑制因素和疾病存在，會放大疫苗副反應程度；
4、與飼養管理及環境因素有關：環境條件惡劣或飼養管理較差的雞群導致的反應程度嚴重；
5、消毒不徹底或不注重消毒，保溫控制不好，溫度忽高忽低，通風不良，會加重傳喉疫苗副反應；
6、免疫間隔不夠或疫苗免疫過于集中，導致傳喉副反應加大。部分養殖戶在做完新支二聯疫苗后，雞群出現輕微呼吸道，未能有效控制，如直接做傳喉疫苗，反而使疫苗副反應程度更大；
7、南方黃雞由于多采用放養形式，老鼠、昆蟲傳播病原體不能有效控制，再加上種雞群一些疾病凈化不徹底，導致沙門氏菌和支原體感染相對普遍，尤其支原體存在，導致粘膜系統受損，影響免疫應答和加重免疫反應程度；
8、南方養殖數量較多，密度相對較大，不同日齡雞群混養相對普遍，疫苗毒尤其是傳喉疫苗毒二次感染現象非常普遍；
9、生物安全程度重視不夠，雞糞隨便堆放，雞販子經常串門收雞等也會加重疾病傳播程度，疾病多重感染自然會加重疫苗反應。