臨床和解剖癥狀針對不同的蟲株感染的部位不同，造成的臨床和解剖癥狀也不一樣，在臨床中，往往幾種球蟲共同感染。比較常見的球蟲有以下幾種：

堆型艾美爾球蟲

    大體病變：輕度感染局限于十二指腸袢，病變可從漿膜面上觀察到，有橫紋狀的白斑，外觀呈梯形。腸道蒼白，有白色液體。嚴重感染時腸壁增厚，腸黏膜上覆蓋一層密密麻麻的白色類似“蟲體”的物體。

巨型艾美爾球蟲

    該蟲種一般寄生在小腸中段，從十二指腸袢一直到卵黃蒂附近，但在嚴重感染時可擴至整個小腸。在小腸中段常見豐富的橙黃色液體和黏膜。小腸松弛，充滿液體。

毒害艾美爾球蟲

    其病變部位與巨型相似，由于其繁殖力低，故大多見于較大的雞。感染后常見小腸氣腫，黏膜增厚，腸腔充滿液體、血液和組織碎片，從漿膜面觀察在感染的病灶區有小的白斑和紅色淤點。嚴重感染時，病變可以擴展至整個小腸，引起腸管腫脹和黏膜增厚，從剖檢的尸體小腸漿膜面上看，病灶為白色和黑色混合。

柔嫩艾美爾球蟲

    又稱盲腸球蟲，它是雞球蟲中致病力最強的一種球種。死亡發生快，一般在感染的5天～6天。急性感染時從出現癥狀到死亡僅僅幾個小時。對增重的最大影響見于感染后第7天。由于脫水引起的體重下降可迅速得到恢復，但生長將落后，真正的死亡原因尚不清楚，但中毒因素是值得懷疑的。感染后4天出血明顯可見，盲腸高度腫大，腸腔中充滿凝血和盲腸黏膜的碎片。到感染后6天～7天，最終通過糞便排出。