１.集約化養雞場現階段難于做到整體意義上的“全進全出制”，只能做到整幢雞舍的“全進全出”，無法從“全場”切斷球蟲的繁殖周期，自然凈化。
　?。?因上述原因導致球蟲病原長期滯留于場內，難于清除，各種消毒衛生措施只能減少球蟲的量和減少傳播機會。
　?。?因各種原因，場內的各幢雞舍間的人員、物品流動難于避免，導致各雞舍雞群反復互相感染。
　?。?雞球蟲很容易引起耐藥性，使藥物防治效果下降。
　?。?生產中難于長期使用藥物，但球蟲病源則長期存在，一旦停止使用藥物，發生感染，就可能發病。
　?。?球蟲弱毒疫苗的使用方法較難掌握，有一定效果，但有時未能提供堅強的保護。
　?。? 球蟲的卵囊可在自然條件下長期保護活力，特別是在南方溫暖潮濕的氣候條件下。
　?。?大群飼養雞只在投放藥物時難于做到每只雞都攝入足夠量的藥物，而它們都有感染球蟲的機會。
　?。? 各種防治球蟲病的藥物對不同球蟲的效果不同，沒有一種藥物能１００％殺滅所有的球蟲。