隱孢子蟲病是由隱孢子蟲寄生于呼吸道和消化道粘膜上皮微絨毛而引起的疾病。我國已發現禽類有2個種，即引起雞、鴨、鵝、火雞、鵪鶉法氏囊和呼吸道的貝氏隱孢子蟲，以及引起火雞、雞、鵪鶉腸道感染的火雞隱孢子蟲。 雞隱孢子蟲的一生一般可以分為四個階段：脫囊、裂殖生殖、配子生殖、配子生殖、孢子生殖。
   
    脫囊：即感染性子孢子從卵囊中釋放出來。在雞體內全部卵囊脫囊約需8h，在鵪鶉體內約需6h。裂殖生殖：即在上皮細胞上進行無性繁殖。從卵囊中釋出的子孢子，鉆入宿主上皮細胞，頭部變圓，子孢子縮短，爾后形成滋養體。由滋養體進一步發育為含8個裂殖子的第一代裂殖體。成熟的裂殖體破裂，釋放出8個裂殖子。第一代裂殖子經滋養體發育為第二代裂殖體，每個裂殖體內含有4個第二代裂殖子。第二代裂殖子以類似的方式形成含有8個裂殖子的第三代裂殖體。配子生殖：由第三代裂殖子發育為小配子體和大配子。成熟的小配子體含有16個子彈形的小配子和1個大殘體，小配子無鞭毛。小配子附著于大配子上受精，受精后大配子即發育為合子。合子外層形成卵囊壁后即發育為卵囊。孢子生殖：即在卵囊內形成感染性的子孢子。隱孢子蟲卵囊有厚壁型和薄壁型兩種。厚壁型的數量多，薄壁型的數量少。孢子化卵囊內含有4個裸露的子孢子。薄壁型卵囊外覆一層單位膜，當卵囊從宿主細胞的帶蟲空泡中釋出時，單位膜破裂，感染性的子孢子立即鉆入附近的宿主細胞，重新開始新的發育過程，這樣就造成了隱孢子蟲的自身感染，以致于即使在攝入少量的隱孢子蟲卵囊后也能引起嚴重的感染。大多數卵囊則發育為多層的、對外界環境有抵抗力的厚壁型卵囊，并隨糞便排出體外，由此而引起其他易感禽類的感染。