呼吸道感染主要表現啰音、咳嗽、打噴嚏和氣喘，伸頸，張口，嗜睡、厭食、體重減輕。腸道感染主要表現食欲欠佳，腹瀉，排水樣稀糞，死亡率升高。呼吸道隱孢子蟲病發病早期可見氣囊增厚并含泡沫狀、光亮到有色或灰白色的液體，后期有白色干酪樣滲出物和實變病灶。腸道隱孢子蟲病小腸蒼白、腫脹、帶有云霧狀的粘性液體和氣泡，盲腸膨脹，內含黃褐色泡沫樣液體。

    取病禽的糞便直接涂片，或用改良抗酸法，金胺酚染色法，染色涂片置顯微鏡10×100下觀察，發現卵囊可確診?；蛉〔‰x腸道、法氏囊等組織切片染色后鏡檢，發現蟲體也可確診。