腸道遭到破壞，各種有害物質會直接進入肝臟，肝臟超負荷運轉處理不完，各種有害物質就會隨血液進入心臟，肺臟等氣管。雞發病出現傷亡也就在所難免了。所以我們常說，腸道是養雞的生命線之一。

那么有哪些因素可以損害腸道呢？

1.小腸球蟲的感染：小腸球蟲的感染是本病的主要原因之一。小腸球蟲主要寄生于腸粘膜上皮細胞中，當其大量生長繁殖時，必然導致腸粘膜增厚，水腫，嚴重脫落及出血等病變，則幾乎使飼料不能被完全消化吸收，同時對水分的吸收也明顯減少，盡管雞大量飲水，也會引起脫水現象，所以發病雞群所排的糞便就很稀薄且不成形，內含有沒有被消化的飼料。

2、細菌感染：細菌能引起腸炎，也是肉雞腸毒綜合癥的病因之一：如沙門氏菌、產氣夾膜梭菌等，通過刺激破壞腸道黏膜，同時引起炎癥使腸蠕動速度加快，消化液排泄過多，飼料通過消化道的時間縮短，導致消化不良。

3、病毒感染：病毒也是引起腸毒綜合癥的誘因之一；如呼腸弧病毒引起腸炎，損害腸道的吸收功能。

4、腸道內的酸堿平衡失調：由于季節、飼料、病原微生物等原因引起腸道菌群失調，產生大量乳酸，使腸道內PH值嚴重降低，腸道內環境發生改變，有益菌減少有害菌大量繁殖，又由于此時腸道處于厭氧環境，魏氏梭菌、腸梭菌等厭氧菌會大量繁殖，有害菌與球蟲相互協調而加強了致病性。這樣就會造成有益菌減少，而有害菌大量生長繁殖，特別是大腸桿菌、沙門氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激腸道粘膜使腸蠕動加快，消化液排出增多，飼料通過腸道的時間縮短，消化不良，未消化的飼料隨同脫落的粘膜一起排出體外，形成特征性的西紅柿樣或魚腸樣糞便。