種蛋儲存永遠大頭朝上。每周用消毒劑擦洗蛋房頂棚、墻壁和地面。蛋庫天花板應距所儲存的種蛋1.5米，應為蛋庫連續不斷地提供流動空氣，種蛋儲存時應避免氣流直接吹向種蛋。儲蛋間應配加濕器，并每周用消毒劑擦洗消毒。

種蛋一旦冒汗，細菌很容易侵入，入蛋前先將種蛋推到攝氏23~C的預溫室內預溫6～18小時，升溫后的種蛋不得再推回蛋庫。不要將尚且溫暖的種蛋裝箱，應在種蛋冷卻12～24小時后再進行包裝，以防種蛋出汗。蛋庫中應備有準確的溫度計和濕度計并每月至少校對一次確保其準確性，每天至少4次記錄其溫度和相對濕度;蛋庫溫度不可波動太大，不正確的濕度可造成種蛋出汗。

種蛋的儲存時間愈長，所需的孵化時間愈長而且孵化率愈低。一般情況下，種蛋儲存超過4天，每多儲存一天，出雛時間就會推遲30分鐘，孵化率降低1%。要達到最佳孵化率，50周齡以下的雞所產種蛋儲蛋時間為3～5天，50周齡以上，2～4天。正常情況下，儲蛋間應保持在18℃，相對濕度75%～80%，如要延長種蛋儲存時間，溫度應略低一些。種蛋入庫前應讓其自然冷卻1～2小時，根據儲存時間來設定15～18℃的儲存溫度，儲存時間短，溫度設為18℃，相對濕度80%;超過6天時，設為15℃。預備儲放7天以后才入孵的種蛋，必須先在蛋庫內預冷6～8小時，然后將種蛋裝入箱內或以塑料布覆蓋打包將種蛋顛倒置放，使其大頭朝下。大日齡的雞群產的種蛋不耐儲。

使用清潔滅菌、帶有空調的車輛將種蛋運抵孵化廠。運輸種蛋應輕拿輕放，車行速度應緩慢，盡量避免碎蛋出現，減少種蛋被污染。