霉菌毒素具有極強的腐蝕性，對消化道的破壞相當嚴重。能引起口腔潰瘍，嗉囊的炎癥以及病情后期的假膜，潰瘍性以及增生性腺炎，腺胃與肌胃交界處形成潰瘍，肌胃角質膜易剝離。角質膜增厚以及角質膜下形成出血潰瘍，腸道脆性增大，腸粘膜脫落、壞死。影響機體對營養物質的消化和吸收，飼料利用率和轉化率降低。

霉菌毒素中毒可導致肝臟多灶性肝細胞壞死，肝細胞增生以及發病前期由于充血而呈暗紅色，后期由于脂肪聚集呈黃色，但不管發病前期與后期都為橡皮肝的感覺。膽囊黏膜由于膽小管的增生和壞死而發炎，出現膽囊脆性增大的現象。