前面提過，藥物預防對防止疾病的發生和擴散起了很重要的作用；但藥物預防并非是防病的神仙妙藥，頻繁地使用藥物預防則是弊大于利。

首先，藥物預防要增加養豬成本；隨養豬難度加大，使用的藥物檔次也越來越高，成本的增加也越來越大；藥物成本已經成為養豬成本中重要的一項。減少藥物預防的次數，則是降低養豬成本的重要手段。

其次，任何藥物都有副作用；俗話說，是藥三分毒，頻繁使用藥物，會導致藥物毒性在體內的累積，到一定程度是會危害到豬的健康。

第三，現在藥物預防主要使用抗生素；藥物在殺滅細菌的同時，細菌也在不斷地產生對抗能力，導致細菌對藥物的抗藥性越來越強，以至發病后無藥可用。

第四，長期使用藥物，會使豬產生對藥物的依賴性；用藥時一切正常，一旦停藥，則馬上出現不良反應；這樣豬群一直處于不安全的狀態，不但增加藥物費用，更讓養豬人時刻提心掉膽，一直處于緊張狀態。

所以，我們只能把藥物預防當成一種應急手段，而不能把藥物預防當成防病的唯一辦法；否則就會受到藥物預防的綁架，成為藥物預防的受害者。