肉雞球蟲病主要是雞食入了被球蟲卵囊污染的飼料、飲水后，卵囊被胃內消化液溶解，子孢子游離出來寄生在雞的腸道上皮細胞內進行裂殖生殖時引起腸管反應和大量上皮細胞崩解，以致使腸管的分泌運動及吸收功能發生障礙。腸壁的炎性變化和血管破壞則使大量的液體和血液流入腸管內。這時病雞表現為消瘦、肌肉蒼白、貧血和排胡蘿卜樣血便等癥狀。同時上皮細胞崩解后所產生的有毒物質蓄積在腸管中引起機體中毒，表現為精神沉郁、昏迷、翅下垂。腸粘膜損傷后為病原微生物和腸道有毒物質侵入打開了門戶，導致各種繼發性感染。
    肉雞球蟲病根據發病癥狀和流行病學即可確診，治療時應結合改善環境（包括飼養密度、濕度通風和衛生條件等）增加飼料維生素含量和飼料營養配比、輔助藥物治療。