1%-2%的活仔有先天性缺陷，如隱睪病、陰陽豬、先天性震顫、臍疝或者腭裂。先天性缺陷不一定遺傳，其原因常常未知。豬的胚胎從定植(大約在排卵后的12-18天)到開始形成器官(35天)之間這一段時間是非常敏感的。如果許多胚胎都死了，母豬就流產。如果畸形的仔豬胚胎存活了一段時間，它們就成為死胎或者木乃伊。有些仔豬生下來就是畸形的。

臍疝，腹股溝疝或者陰囊疝：原理是相同的，破裂點的肌肉太弱。腹腔中的內容物從肌肉間向下或者腫出來(還在腹膜內)，明顯可見。如果一段腸道被夾住了，食物的通道就被打斷了，炎癥開始發生，仔豬最后可能會死亡。如果您的豬群中有很多疝氣問題，提高仔豬保溫箱的溫度是一個好主意，這樣仔豬就不會互相壓在一起了，同時要預防臍帶感染。

駝背的仔豬。肩后面的凹陷在仔豬較大以前通常不怎么明顯。造成這種現象的原因是從肋骨到肋軟骨的炎癥。由于肺的可用空間受到擠壓。這些仔豬常會形成肺炎。

仔豬互相壓在一起不僅僅表明它們太冷，還是造成疝氣的一個危險因子!一頭仔豬躺在另一頭仔豬上面會加大腹腔壓力。原來就存在的肌肉較弱的點更加惡化，形成可見的疝氣。

這頭仔豬的耳朵扁平地貼著頭，給人一種“賽馬”或者“兔子耳朵”的樣子。這類仔豬常有肺炎而且生產性能低下。出現這種先天性畸形的原因，至今仍不清楚。荷蘭在20世紀90年代首次出現藍耳病的時候發現大量此類仔豬。但是在藍耳病陰性的豬場也有這種豬。

陰陽豬是既有陰戶又有睪丸的豬，是一種常見的現象。它的肌肉和公豬類似，所以將其歸入公豬/閹公豬中。

母系育種越來越將重點放在仔豬的活力/成活率上。顯然初生重小于800g，在斷奶前就死亡50%的仔豬不符合上述目標。隨著對木系的目標性選育，“壞的基因”給選掉了，同時“好的基因”傳給了下一代。而對終端父本的選育越來越強以避免出現遺傳性的畸形，例如陰陽豬、鎖肛、疝氣、隱睪、先天性震顫、畸形和八字腿。