目前尚未找到理想的解決方法，解決上述種種問題是一項系統工程，需作長期不懈的努力，要綜合考慮各方面的因素，因地制宜，綜合治理。
　　加強宣傳教育，提高全民的環保意識。人的因素是最根本的，只有人們都認識到問題的嚴重性，才能從根本上解決問題。因此，要加強環保意識的宣傳教育，加強對從事養殖業的工作人員進行專業培訓和考核。
　　加強立法，避免發生“先污染后治理”現象。從養殖場的興建到日常生產，制定嚴格而細致的規則，首先對新建養殖場的選址，必須嚴格執行禁建區政策，必須考慮周圍環境(農田、魚塘、果園)對糞污的消納能力以及養殖場的糞污處理設施。養殖場應遠離居民區(5km以上)和公路(200m以上)，既減少養殖場對居民環境的污染，也減少居民活動對養殖場的干擾。其次要求養殖場必須進行污染治理，否則不允許繼續經營。
　　采用“干清糞”工藝減少沖洗用水。用水沖洗豬舍顯然省時、省力又衛生，但糞、尿和水混合后造成后處理量大而復雜，須經過沉淀、過濾，反而事倍功半，并且浪費寶貴的水資源。實驗表明采用水沖糞和干清糞不同的清糞工藝，每頭豬的年均用水量分別為35～40t、10～15t。因此，應提倡推廣干清糞工藝，即糞尿分離，及時清糞，既有利于糞污處理，又可減輕對豬體本身的污染以及臭氣的散發。
　　完善工藝流程，加強科學管理養殖場的能源環境工程。必須依據《畜禽養殖業能源環保站設計規范》的要求做好前處理、厭氧處理和后處理的設計和施工，工藝要精良，技術要先進，容量要配套，管理要科學，還要特別注意發揮前處理投資省、效果好、管理方便的作用。
　　提高養殖水平，減少污染物排放量。首先要改善日糧配方和飼料加工工藝，糞便污染的實質在于日糧中營養物質吸收不完全而殘留有N、P、C和一些重金屬如Cu、Zn等。從營養學的角度考慮，畜禽可視為一個生產系統:“輸入(飼喂)－轉化(消化)－輸出(糞尿)”，要使末端達到最小而不影響中間，只能著手于減少始端的供給量，形成“兩頭小中間大”的狀態。如目前肉豬料肉比的世界先進水平為2．4∶1，而我國卻為3．5∶1，既造成浪費和成本提高，又加重了對環境的污染。其次要合理使用飼料添加劑，在飼料中添加一定比例的微生態制劑、酶制劑、中草藥、礦物質等，不僅能提高飼料轉化率、有利于畜禽健康，而且能減少有害物質的排放、減輕養殖場惡臭。但添加的比例一定要合適，否則會造成畜禽產品的品質下降和環境污染加劇。
　　積極開展糞污的綜合利用。糞污不是垃圾，而是放錯了地方的資源，充分研究和利用糞污不僅可減緩全球資源危機和環境危機，還能帶來可觀的經濟效益和社會效益。(1)還田肥土或生產有機肥用于農業生產。首先還田肥土仍是目前世界范圍內處理畜禽糞便最主要的途徑。但為了防止鮮糞中的病原微生物、寄生蟲及其卵等對土壤和農作物的污染，畜禽糞便應經腐熟發酵后施用。不過在我國，由于大中型豬場的突然崛起、養殖場周圍的土地有限、運往遠處費用過高、農戶使用化肥的便利及農村主要勞動力轉移等原因，使糞污大量積壓，而農田土壤肥力卻不足。因此，生產有機肥用于農業生產可以解決運輸問題，也提高了肥效，還可以解決大量施用化肥造成土壤肥力下降的問題。(2)發展生態型農牧業。發展生態型農牧業，實現零排放是徹底解決養殖業污染的根本方法，即在規劃和建造養殖場時考慮糞污的消納能力，把養殖業與種植業有機地整合在一個生態系統中，從根本上解決糞污污染問題。無論固體廢物還是廢水，處理和利用應在一個單元(所在區域)內解決，這樣才能實現產品、土壤和環境的可持續健康發展。利用生態系統中物質和能量循環的原理，走牧、沼、果(林菜)與牧、沼、漁、果(林菜)等生態型養殖之路。
　　積極開展沼氣綜合利用。在未來的能源生產中，沼氣將扮演越來越重要的角色，在生產沼氣的同時，利用和處理了大量糞便和生活垃圾，沼氣時代不是過時了，而是還沒有到來。沼氣可用于養殖場的職工生活用能、仔豬保溫、發電等，是最廉價、最環保的能源。目前沼氣的綜合利用率低，許多沼氣沒有得到利用就被直接排放到空氣中，還造成嚴重的溫屋氣體效應(CH4造成溫屋氣體效應是CO2的21倍)。同時要大力發展農村戶用沼氣，保護森林資源。福建氣候暖濕，四季常青，森林覆蓋率達60．5%，居全國第一。但人多地少，人均資源占有量低，人均耕地面積0.035hm2，人均占有森林面積0.21hm2，比全國和世界的人均占有量都低。三明市大部分是農區，農戶都有種糧養豬的習慣，因此，農村具有豐富的沼氣資源，應大力發展戶用沼氣。建造一口10m3的戶用沼氣池，可年產631.9m3沼氣，節省5.85m3木材，建造戶用沼氣池按20a折舊計算，年均成本支出分別比燃燒蜂窩煤和木柴的費用降低3.7倍和2.9倍。到2003年底三明市共建造戶用沼氣池2.26萬口，建池戶占三明市總農戶(38.16萬戶)的5.9%，可年生產沼氣1428.1萬m3，替代薪柴13.22萬m3左右，約有11.3萬農村人口用上高效、清潔、方便、衛生的沼氣燃料。如果三明市有15%的農戶(國家戶用沼氣普及標準)即5.72萬農戶建造沼氣池，年可生產沼氣3614.5萬m3，替代薪柴33.46萬m3左右，約有28.6萬農村人口用上高效、清潔、方便、衛生的沼氣燃料。因此，在福建省目前森林覆蓋率較高時，就要考慮更好地保護森林資源，居安思危，而大力發展農村戶用沼氣是最好的保護森林資源的辦法，節省下來的林木資源既可以用于發展木材加工業，也可用于發展食用菌產業，具有十分顯著的經濟、社會和生態效益。