傳染性法氏囊疫苗，一般都用于滴鼻、點眼、滴嘴免疫。滅活苗則皮下注射。

但是在凍干苗稀釋過程中一定要注意，最好要使用專門的疫苗稀釋液。如果采用地下水或自來水必須要考慮到水中礦物質的存在，如氯離子，可以使用涼白開，或者靜置在塑料器皿中6小時以上再稀釋疫苗。滅活苗則要達到常溫并搖勻后才能使用。

免疫時機的選擇也是法氏囊免疫成功的關鍵，最佳的免疫時機要根據母源抗體的高低和活疫苗毒株的種類而定。一般而言，母源抗體對雛雞的有效保護時間為7-14天，另外，活疫苗毒株的種類也影響免疫效果。強毒力、中毒力和無毒力的毒株突破母源抗體的能力是不同的。