為了防止豬只生病所造成的經濟損失，在建設生物發酵舍時要充分考慮到這一點，做好發酵床的管理工作，生物發酵舍的疫病防治分為四個重點，下面是詳細介紹。

1、豬舍建設

這是進行豬只保健和實施疾病防控措施的前提，使用有效的設備往往可以起到事半功倍的作用。

2、墊料的管理

這是疾病防控的關鍵，只要管理好墊料，疾病發生的機會就會大大降低。

3、飼料管理

這是生物發酵舍可持續運行的重要保障，維持腸道的微生態平衡，要保持飼料中不能長期添加對發酵床的微生物有害的物質。

4、病豬處理

在出現墊料管理不當或出現外來大量的不可控病原時，可采取生物發酵舍養豬技術的疾病防控的緊急措施——隔離和堆積發酵，這樣可以有效防止疫病的大面積擴散。