雞舍使用的久了必定會滋生許多細菌病菌等，細菌病菌積攢的多了必定會引發疾病，為避免雞發生疾病，養殖戶需定期清理雞舍及養殖設備，具體操作如下。
    1.干式
    清理糞便及墊料。將接糞板上的雞糞盡可能刮干凈（可以使用電動刮刀等）。此外，清除雞舍地面、雞糞槽等處得雞糞及墊料。
    雞舍內的清掃。用刷子、笤帚、吸塵器、清潔布等將屋頂、照明、大梁、橫梁，側壁、雞籠、換氣扇、換氣口、通風口等出的灰塵及污物清理干凈。作業先上到下，固著的污物用鐵刷子清理干凈。
    喂料設備的清掃。將雞舍清空之后，將喂料線上的剩余飼料全部清理干凈，特別是料槽、傳送鏈條拐角、料斗等處殘留的飼料清理干凈。清理時，使用真空吸塵器、鼓風機、鐵刷子等。此外，在喂料鏈的下方，插入附有研磨用具的木片，讓鏈條運轉，清除固著的飼料殘渣。
    雞蛋收集設備的清掃。打開將雞蛋運出雞舍的傳送帶的點檢口，清除此處的灰塵及雞蛋殘渣等，且將損壞的部件及清掃困難的污濁部件去除。取下收集雞蛋用的傳送帶，清除粘在兩面上的污物。
    地面的清掃。水泥地面，相對于泥土地面很容易清掃。將雞糞，墊料清理之后的地面，特別是四周、出入口、通道、角落等處，通過手工作業進行充分清掃。雞蛋儲藏室、空調機房、休息室、廁所、倉庫等處得所有污物及沒有的物品全部清除，并打掃干凈。
    2.濕式
    清洗。水洗作業，包括浸泡、清洗、涮洗。為了有效除去固著的污物幫助清潔劑有效滲透，在清潔劑中加入界面活性劑。清洗時的水量定為每平方米面積6升以上水量。清洗時，使用蒸汽清洗器及動力噴霧器等，只采用水流加壓的情況下，肉眼觀察干凈了，但清洗后的細菌數的減少只有1/10左右。與之形成對照的是，使用刷子等刷洗時，細菌數能減少到1/100，并且，雞舍地面、給水器，接糞便的板子，清除糞便的用具等污染嚴重的器物在用水沖洗的同時，應用刷子刷洗。
    清掃、清洗。將雞舍內的雞（包括死雞及籠子外面的雞）全都清理出去。在清空雞舍的同時，對有可能成為病原微生物的媒介的老鼠，衛生害蟲進行驅除。清洗、消毒作業開始前，切斷所有電源。雞舍內不能移動的電機、開關等，用鼓風機吹風，用刷子刷等方法清掃雞舍之后，為防止進水，用塑料罩對抗電源設備進行遮蓋，用膠布封口。細菌在污物堆積和潮濕情況下很容易繁殖，所以在清掃之后，迅速按照低壓為1 378.4~2 068.5千帕（14~21千克/平方米）的方法進行水洗作業。若用噴霧器，按照40~120升/分鐘的標準噴霧。
    清洗作業。按照合理的先后順序進行清洗，從后到前，最開始是屋頂，然后是墻壁，最后是地面。不容易清洗到得地方，使用噴嘴或噴霧器的輔助工具。將屋頂、墻壁、通道及樓道拐角平臺、集蛋器輥輪、運送雞蛋的傳送帶、交叉皮帶、傳送帶下面的地面、糞槽臺階，外臺階、水泥糞槽的地面等徹底清洗干凈。一般來說，清洗時，使用1379.3~13793.0千帕的水壓，但是最好使用5172.4~13793.0千帕水壓。要注意的是，高水壓可能對人造成傷害，使用之前，應按照機械制造企業的使用說明書使用，應注意安全。清洗的時候，不要局限于表面，槽里面、傳送鏈的內側等處的污物也要清理干凈。特別是運送雞蛋的升降機，要特別注意，應從所有角度點檢污濁情況，將糞槽的底部及輥輪的內側等處的，因為破蛋形成的污濁清理干凈。倉庫、貯蛋室、雞蛋冷卻設施、走廊、休息室、廁所等也要清洗干凈。只有在用高壓水槍無法清洗的地方，采用手洗。
    沖洗作業。最終的沖洗作業，是為了將設施充分清潔干凈，或者將使用過的清潔劑沖掉的目的而實施。對有可能促進細菌類的發育的不干凈的清洗用水的殘留積水，盡可能迅速清除。