抗生素促生長劑被禁用后，獸醫必須面對的家禽胃腸道疾病主要有：雞球蟲病，壞死性腸炎和非特異性腸炎（也稱為菌落失調癥）。
    1 雞球蟲病
    雞的胃腸道疾病的防治關鍵在于控制消化道中球蟲以及感染球蟲后所引發的腸道病原菌的感染。在家禽養殖業的整個歷史上，球蟲病一直是全球最普遍和經常報道的影響家禽腸道健康和生長效率的疾病之一。球蟲病主要由堆形艾美爾球蟲、巨型艾美爾球蟲、毒害艾美爾球蟲和柔嫩艾美爾球蟲等7種公認的球蟲引起。雖然在現今的球蟲病控制措施下，死亡率高的重癥球蟲病很少發生，但商品雞群沒有感染過球蟲病的也很少見。球蟲病還可引發雞的壞死性腸炎等其它腸道疾病。盡管有控制措施，球蟲病仍然會給家禽養殖業造成嚴重的經濟損失。
    2 雞壞死性腸炎
    引起壞死性腸炎的因素很多，但產氣莢膜梭狀芽孢桿菌是導致壞死性腸炎的一種普遍存在的厭氧性微生物。在一定的條件下，這種微生物能在腸道中繁殖，產生毒性較強的α毒素。家禽對α毒素很敏感。產氣莢膜梭狀芽孢桿菌在腸道中增殖的誘因有：
    亞臨床的球蟲病對粘膜造成損傷，使得梭狀芽孢桿菌能夠黏附到腸粘膜上并在此繁殖；
    飼料中淀粉和蛋白質的含量過高，導致腸道中有未消化的飼料存在；
    消化酶的分泌紊亂，使得消化率降低、腸蠕動減慢，因此促進了梭狀芽孢桿菌的繁殖；
    當使用小麥、大麥和燕麥等作為能量飼料來源時，我們發現壞死性腸炎的發病率要比玉米作為能量飼料高。
    在歐洲，獸醫觀察到家禽臨床性壞死性腸炎在肉雞各日齡段都有發生，最早發病是在14-15日齡，高峰期在25日齡。其主要癥狀是：家禽精神沉郁、擠成一團、羽毛粗亂、生產性能降低。死亡率高達10%，但2%至6%的死亡率更為普遍。
    患臨床性或亞臨床性壞死性腸炎的家禽還會發現有嚴重膽管性肝炎的病癥。只有在加工生產線上才發現雞肉顏色差和黃疸、肝腫大，外觀呈褐色和表面有結節或斑點、肉質等級明顯下降（3%至5%）。梭狀芽孢桿菌通常棲息于盲腸，但是如果腸道菌群的平衡發生改變，梭狀芽孢桿菌在消化道前段大量增殖，導致壞死性腸炎和雞的死亡，由于膽管連結著膽囊與腸道，梭狀芽孢桿菌可能會轉移到腸道上部而進入膽管，隨后阻塞膽囊或進入肝臟，導致上述癥狀。
    3 雞的菌落失調癥
    菌落失調癥是腸道內非特異性細菌積聚而導致家禽腹瀉和雞舍墊料潮濕的病癥。雞群的死亡率通常并不會高于正常水平。但是家禽表現出遲鈍、昏睡和產生很稀、經常是惡臭的排泄物。通常使飼料轉化率減少4至10個百分點，屠宰體重下降30至120克。
    菌落失調癥的病因尚不清楚。但我們發現盲腸和小腸中包括產氣莢膜梭狀芽孢桿菌的很多種類的梭狀芽孢桿菌的數量都增加。病毒分離結果表明，盲腸和小腸中也存在很多種病毒，如呼腸孤病毒、傳染性支氣管炎變異株病毒和傳染性法氏囊病病毒。
    患菌落失調癥的雞宰后發現腸稍有鼓氣，腸道內容物呈水樣，十二直腸內側有很多組織碎片和黃色的黏液，肝臟出現輕微的黃疸，可能是膽管被梭狀芽孢桿菌堵塞引起的。
    雞群的飲水量通常會增加。但是，有時在墊料變潮前飲水量會增加。這使得養殖場管理人員和獸醫更精確地預測墊料變潮的開始時間而盡早采取預防措施。