管理人員在準備孵化種蛋時，應把種蛋做好標記，按種蛋的祖代或父母代做標記依據，以防止混群。
    父母代種蛋入孵時只分父本和母本兩種。出雛時可將數量較少的父本公雛斷冠以和母本母雛相區別。成年后性別鑒定錯誤的雞也可根據記號剔除，不做種用。
    祖代種蛋入孵時，A、B、C和D系都要有所區別，可同時應用斷冠和斷趾兩種方法加以區別。例如，可將A系公雛斷冠和左腳第2趾，B系母雛斷右腳第4趾，C系公雛只斷冠，D系母雛不做記號。 
    種蛋由種雞舍或蛋庫送入孵室入孵前，應進行預熱，以防蛋殼表面凝結水汽而影響孵化率。凝結水汽會將懸浮于空氣中的細菌等微生物粘附其上，增加蛋殼上的污染程度。種蛋需碼放在孵化盤中送入孵化機中孵化，種蛋在盤中應大頭向上放置。同一臺孵化機中同時孵有多批種蛋時，每次碼蛋時應在蛋盤上做好明顯標記，以防錯亂。種蛋裝入孵化機后，還需應用1-2倍濃度的福爾馬林第3次熏蒸消毒30分鐘。
     種蛋孵化到18-19天時，將孵化機中的種蛋裝入出雛盒中，送入出雛機中孵化的工作稱落盤。在冬天落盤時應盡量縮短時間，防止晾蛋時間過長。