微生物發酵飼料的作用主要體現在兩個方面，一是利用廉價的農業和輕工副產物生產高質量的飼料蛋白原料，二是獲得高活性的有益微生物。這些微生物制品的應用，一方面可以提高飼料的轉化率,促進畜禽生長;另一方面可以調節動物的微生態平衡,提高動物的健康水平。還有一些活菌劑可以用于治療動物疾病。在水產動物養殖中推廣應用微生物發酵飼料，可以減少抗菌素的使用，有利于生產安全食品，提高產品出口的競爭力。
　　補充有益菌，調節動物的微生態平衡
　　健康動物腸道內生長著各種各樣的微生物群落，各種微生物群落之間相互依存、相互制約，構成畜禽腸道內微生態系統的平衡，建立一個正常且平衡良好的腸道微生物區系對抵御病原性微生物感染具有十分重要的意義。由于微生物之間存在著相互作用，某一生態系統中現存的微生物會阻止新的有機體在這一部位的入侵，有益菌通過競爭性抑制作用阻止有害微生物在腸粘膜附著與繁殖。因此對那些菌群形成遲緩或有障礙的動物服用微生物飼料有著十分重要的意義。而對于成年動物由于許多微生物只能在腸道內存活相當一段時間，必須連續服用活菌制劑才能保持某一微生物在腸道內的定植。
　　化學屏障作用
　　通過有益微生物如乳酸菌類產生的有機酸(乳酸、丙酸、乙酸)使消化道內pH值降低，抑制其他病原微生物生長，環境pH值為4時大腸桿菌和沙門氏菌不能增殖，起到了維持腸道菌群平衡促生長的作用，同時消化道內的酸性環境促進了礦物質元素鈣、磷、鐵以及維生素D的吸收和利用。
    產生有益代謝物，抑制和殺死有害菌
    有益微生物可產生肽細菌素、酶類及少量無機物，可以抑制有害菌的生長或阻止有害菌毒素在上皮細胞的粘附和侵入。如乳酸菌和鏈球菌產生的乳酸鏈球菌肽能抑制沙門氏菌、志賀氏菌、綠膿桿菌和大腸桿菌的生長;嗜乳酸桿菌和保加利亞乳桿菌可以產生少量過氧化氫抑制革蘭氏陰性病原菌的生長;乳酸桿菌和雙歧桿菌產生的胞外糖苷酶可以阻止細菌毒素的入侵。